تاریخ این محل با تاریخ قوم قزلباش در افغانستان، پیوند دارد.
قزلباشان پیروان طریقت صفی الدین اردبیلی و شاه اسماعیل صفوی اند که در زمان براندازی خاندان "آق قویونلو" در قرن 16 میلادی خدمات زیادی را، به اسماعیل صفوی انجام دادند و به پاس آن خدمات، دارای مراتب و مناصب عالی در دربار صفوی ها گردیدند. این امر باعث شد تا قوم قزلباش منحیث یک طبقه ی ممتاز در میان اهل تشیع، عرض وجود نماید.
نادرافشار که خود نیز مر بوط به یکی از ایل های این قوم بود، به کمک آن ها توانست در ساال 1735 میلادی سلسله ای صفوی را بر اندازد و به مدت دوازده سال بر سرزمین های پارس، قندهار و بخارا، حکم براند. او دهلی را نیز یکبار فتح نمود و از آنجا غنایم بی شمار با خود به فارس برد که الماس معروف کوه نور، از جمله ی آنها بود.
پس از قتل نادرافشار، عده ای از قزلباشان به "احمدشاه ابدالی" پیوستند و او را در رسیدن به تاج و تخت، یاری نمودند که  این امر باعث شد تا مقام و منزلت خود را در دربار او حفظ کنند.
زمانی که تیمورشاه درانی پایتخت را به کابل انتقال داد، منطقه ای را در کنار دریای کابل، به یکی از فرماندهان و سران قوم قزلباش به نام "مراد خان" به گونه ی  تحفه اعطا نمود که پسان ها، این منطقه به مرادخانی مسمی گردید و اکثر خان ها و سران قوم قزلباش که در دربار صاحب مقام و منزلتی بودند، در این منطقه زندگی می کردند.
از آنجایی که مراد خانی یک منطقه ای اشراف نشین بود، لذا منازل باقی مانده دراین منطقه، از زیبایی و شکوه خاصی برخوردار می باشند. گچ کاری دیوار ها، کندن کاری روی چوب، تزئینات داخلی اتاق ها، چگونگی ساختمان کلکین ها و دروازه ها و بالاخره نقشه کشی منازل همه خبر از مهارت و هنر استادانی می دهند که در طی سالها در این منطقه کار کرده اند و از مهارت های هنری شان برای زیبایی منازل مراد خانی، استفاده نمودند.
عدم توجه دولت های معاصر به میراث های فرهنگی و هنری ما، سبب شد تا منطقه ی مراد خانی آرام آرام به فراموشی سپرده شده و کوی و برزن این منطقه که زمانی محل رفت و آمد اشراف زادگان قزلباش و درباریان بود، آگنده از کثافات شود. در طول چندین دهه انبوهی از کثافات در منطقه تجمع نمود.
همچنان بی توجهی  دولت ها به این شهرک قدیمی و غنی از آثار هنری، باعث خرابی و نابودی برخی از آثار هنری این ساحه شده است. در جریان سالهای جنگ، به ویژه جنگ های کابل -در دهه ی 70 خورشیدی-  اهالی مراد خانی مجبور به ترک خانه و منزل شان گردیدند و مراد خانی به منطقه ای متروک، ویرانه و تقریباً خالی از سکنه مبدل گردید.
 عدم توجه دولت ها و جنگ نه تنها باعث متروک شدن مراد خانی و مهاجرت مردم این منطقه گردید، بلکه معماران و هنرمندانی که پاسدارندگان معماری و هنر اصیل سرزمین ما بودند، نیز یا ترک دیار گفتند و یا ترک دنیا.
پس از فروپاشی نظام طالبان و آغاز روند جدید در تاریخ کشور، خوشبختانه مراد خانی در زمره ای مناطقی طالع مندی قرار گرفت که مورد الطاف دولت و نهاد های بین المللی، واقع شدند.
در سال 2006 میلادی موسسه ی "فیروز کوه" که دربخش های صنایع دستی و آبدات تاریخی افغانستان فعالیت می نماید، به کمک مالی شهزاده چارلز از انگلستان تأسیس گردید. این موسسه، بازسازی مراد خانی و تربیه ای معماران و هنرمندان محلی را، در محراق توجه خود قرار داد.
موسسه ی فیروز کوه، در مدتی که در ساحه مراد خانی کار می نماید، موفق شده است تا بخش بزرگی از مراد خانی را بازسازی نماید. بازسازی مراد خانی، شامل ترمیمات اساسی خانه ها، کلکین ها، دروازه ها و حویلی خانه ها، با استفاده از مواد ساختمانی که صد یا صدو پنجاه سال پیش این منازل با آن مواد اعمار گردیده بودند می شود.
همچنان موسسه فیروز کوه در قسمت بهبود شرایط زندگی دراین محل که شامل ایجاد سیستم کانالیزاسیون، پاک کاری ساحه از وجود کثافات، تأسیس مکتب و کلینیک صحی، می گردد، کار های را انجام داده است. در پهلوی این ها این موسسه، صنایع دستی مانند آهنگری، زرگری، کلالی یا کوزه گری، گچ کاری و کندنکاری روی چوب را نیز، در ساحه مراد خانی تقویت و حمایت می نماید.
انجینر هدایت الله مسؤول پروژه بازسازی مراد خانی در مورد نحوه ی کار شان، چنین می گوید: نخست ما ساحه را از وجود کثافات پاک نمودیم و این کار چندین ماه به طول انجامید، زیرا کثافات در اینجا در طی چندین سال انبار شده بود. بعداً خانه ها به صورت جداگانه سروی شدند و نقشه های بازسازی شان طرح شدند. انجنیر فتاح، یکی از انجنیران این پروژه در مورد روش بازسازی منازل مراد خانی، چنین گفت: پس از سروی خانه ها، نمونه برداری از نقش و نگار های دیوار ها و کندن کاری های روی چوب ها از روی نمونه های باقی مانده، صورت می گیرد که  پس از آن طرح های بازسازی با استفاده از تکنولوژی پیشرفته ی کمپیوتری، طراحی می شوند و بعداً کار عملی برای بازسازی خانه ها، آغاز می شود.
زمانی که از انجنیر هدایت الله در مورد چگونگی کار بازسازی منازلی که تخریب گردیده بودند، و به مشکل می شد آن ها را دوباره احیاء کرد پرسیدم، وی  ضمن ارائه ی توضیحات لازم گفت: چون تمام خانه های مراد خانی به منظور وقایه از نم و رطوبت، روباه خانه (زیر خانه ای بسیار پست که انسان فقط به شکل خمیده می تواند داخل آن شود) دارند، گاهی مجبور بودیم در زیر این روباه خانه ها برویم که این کار خطرناک محسوب می شد؛ زیرا سنگینی بدنه ای این منازل همه بالای این روباه خانه ها قرار گرفته اند و باتوجه به این که شکست و ریخت در ستون های که این منازل را بالای روباه خانه ها استوار نگه می دارد بسیار زیاد بود، هر لحظه امکان این که تمام ساختمان بر روی روباه خانه فرو بیفتد، موجود بود.
یکتن از اهالی مراد خانی ضمن قدردانی از کار موسسه ی فیروزکوه، خاطر نشان می سازد که اگر تا یکی دو سال دیگر این کار صورت نمی گرفت، شاید دیگر هرگز موفق به حفظ هنر معماری اصیل این منطقه ی تاریخی شهر کابل، نمی شدیم؛ زیرا اکثر بنا ها در حالت بسیار بد قرار داشتند و ممکن بود با اندکترین تکان زلزله یا بارندگی، برای همیش ویران گردند و بخشی از هنر اصیل سرزمین ما، نابود شود.
انجنیر هدایت الله در مورد هنرمندانی که برای تعمیر و بازسازی منازل، کار می کنند می گوید که آن ها بسیار به مشکل چند استاد را در رشته های مختلفی چون، کندن کاری روی چوب، گچ کاری، دیوار بندی و کلالی از نقاط مختلف کشور مانند نورستان، هرات، استالف و... به کابل آوردند، تا تحت نظر آن ها کار احیای مجدد منازل تاریخی مرادخانی به شیوه و سبک قدیمی آن صورت گیرد. او تذکر می دهد که عده ای معدودی از استادان هنر معماری در کشور باقی مانده بودند و اگر به حال شان توجه صورت نمی گرفت، شاید این هنر برای همیشه در افغانستان، مانند صد ها اثر تاریخی که نابود گردیدند و یا دزدیده شدند، از بین می رفت.
با آن که برخی کار های بازسازی در کشور، در طی چند سال اخیر در زمینه های مختلف انجام گرفته است؛ اما با اهمیت ترین و ماندگار ترین کار ها، کار های اند که در راستای حفظ میراث ها و ارزش های تاریخی و فرهنگی ما انجام گرفته اند و این عرصه بیش از هر عرصه ای دیگر نیازمند توجه و مراقبت جدی دولت و نهاد های بین المللی را، می طلبد؛ زیرا میراث های تاریخی ما اگر یکبار نابود شدند و از بین رفتند، دیگر قابل بازسازی یا احیای مجددد نیستند.
 تندیس های بودا در بامیان می توانند مثال واضحی بر این ادعا باشند. از جانب دیگر تاریخ و هویت ما بستگی به حفظ آثار تاریخی و ارزش های اصیل فرهنگی ما دارد؛ ما تنها در صورتی می توانیم هویت و اصالت خود را حفظ نمائیم که میراث های تاریخی و فرهنگی مان را نیز حفظ نموده باشیم و مراد خانی نمونه ای کوچکی از تاریخ و هنر اصیل سرزمین ما، می باشد.