مرحله ثبت نام کاندیدان برای انتخابات ریاست جمهوری و شورا های ولایتی در مرکز و ولایات کشور به تاریخ 5 ثور آغاز و تا 18 ثور 1388 دوام یافت.
بر اساس طرزالعمل ثبت نام، آنهایی که می خواستند در انتخابات ریاست جمهوری به رقابت بپردازند، باید در خواست تحریری ثبت نام شانرا همراه با اسنادی که مؤید ماده 62 قانون اساسی و بند دوم ماده 35 قانون انتخابات باشد، به ریاست روابط خارجه کمیسیون مستقل انتخابات و آنعده افرادی که می خواهند در انتخابات شورا های ولایتی به رقابت بپردازند، باید در خواست های تحریری شانرا همراه با اسنادی که در ماده 85 قانون اساسی و بند دوم ماده 35 قانون انتخابات، ذکر شده است، به دفاتر ولایتی کمیسیون مستقل انتخابات، ارائه بدارند.

کمیسیون انتخابات لست ابتدایی کاندیدان را بر اساس درخواست های آنها ترتیب می نماید. این لست شامل اسم، شماره اختصاصی مربوط کاندید، عکس و سمبول انتخاباتی کاندید می گردد.
کمیسیون به مدت شش روز لست ابتدایی را به نشر می رساند و در این مدت کاندیدانی که معلومات شان به صورت نادرست در لست درج شده باشد می توانند به دفاتر کمیسیون مراجعه کنند و خواهان تصحیح معلومات مندرجه در لست گردند.
در صورتیکه درخواست یک یا چند تن از کاندیدان از جانب کمیسیون قبول نگردد، موصوف به وسیله مکتوب رسمی با ذکر دلایل رد در خواست نامزدی، آگاه می شود.
در خواست دهندگانی که کاندیداتوری شان رد می گردد، پس از دریافت اطلاعیه مبنی بر رد درخواست شان می توانند تا مدت 7 روز شکایت خویش را به کمیسیون شکایات انتخاباتی غرض تجدید نظر در تصمیم کمیسیون انتخابات، ارائه بدارند.
بعد از اعلان لست ابتدایی تا مدت 6 روز افراد واجد شرایط رأی دهی می توانند شکایات خویش را مبنی بر عدم واجد شرایط بودن کاندیدان، به کمیسیون شکایات انتخاباتی ارائه بدارند. کمیسیون شکایات انتخاباتی پس از بررسی شکایات رسیده، در مورد پذیرش یا رد صلاحیت درخواست دهنده برای کاندیداتوری تصمیم می گیرد.
ناگفته نماند که کمیسیون شکایات انتخاباتی تنها به رسیدن گزارشات از مردم بسنده نمی کند، بلکه براساس بند 5 ماده 51 قانون انتخابات می تواند موضوعاتی را که در محدوده ای صلاحیت آن قرار دارد، به ابتکار خود مورد رسیدگی قرار دهد.

کمیسیون شکایات انتخاباتی قبل ختم دوره شکایات یعنی تا 19 جوزا باید لست نهایی کاندیدان را به کمیسیون انتخابات ارائه بدارد. کمیسیون انتخابات وظیفه دارد تا 60 روز قبل از روز رأ ی دهی لست نهایی کاندیدان را با در نظر داشت نظریات کمیسیون شکایات  تهیه و اعلان نماید.
هرگاه یک کاندید بخواهد از کاندیداتوری خویش منصرف شود، باید قبل از اعلان لست نهایی کاندیدان تصمیم خویش مبنی بر انصراف از کاندیداتوری را به کمیسیون مستقل انتخابات اعلان کند.