پس از دو ماه ابهام و نگرانی ای روز افزون، کمیسیون مستقل انتخابات نتیجه نهایی انتخابات ریاست جمهوری افغانستان را روز سه شنبه، 28 میزان 1388، اعلام کرد، که بر اساس آن هیچ یک از کاندیدان ریاست جمهوری نتوانستند آرای کافی برای برنده شدن بدست آورده و از رفتن انتخابات به دور دوم جلوگیری کنند و دور دوم انتخابات روز 16 عقرب برگزار خواهد شد.

پس از آنکه کمیسیون شکایات انتخاباتی شواهدی "آشکار و قانع کننده ای" از تقلب گسترده در انتخابات 29 اسد دریافت کرد، به کمیسیون مستقل انتخابات دستور داد که حدود یک میلیون و 300 هزار رای را باطل اعلام نماید. موضوعی که باعث شد آرای رییس جمهور کرزی که بیشترین تقلب به آن مربوط می شد، از حدود 55 درصد به کمتر از 50 درصد کاهش یابد.

کمیسیون مستقل انتخابات با وجودیکه پیش از این راجع به تصمیم کمیسیون شکایات انتخاباتی ابراز تردید کرده بود، اعلام کرد که انتخابات روز شانزدهم عقرب میان حامد کرزی و عمده ترین رقیب وی، داکتر عبدالله عبدالله برگزار خواهد شد. کمیسیون انتخابات در بیانیه ی که به رسانه ها فرستاده، گفته است که بدلیل رسیدن زمستان، محدودیت ها و چالش های موجود در کشور، تصمیم گرفته شده است که انتخابات به زودی برگزاری شود.

در کنفرانس مطبوعاتی که پس از چاشت روز سه شنبه در کابل برگزار شد، حامد کرزی، در حالیکه با جان کری، رییس کمیته روابط خارجی سنای امریکا، و کای آیده، نماینده ویژه سازمان ملل، و سفیران انگیس، فرانسه و امریکا همراهی می شد، تصمیم کمیسیون انتخابات مبنی برگزاری دور دوم انتخابات را پذیرفت.

تقلب ها و بی نظمی های گسترده ی انتخاباتی که توسط نهادهای ناظر انتخاباتی متعدد داخلی و بین المللی گزارش داده شد، انتخابات 29 اسد را شدیداً زیر سئوال برد. در این حال، رسوایی ملل متحد که به دلیل ادعای پیترگالبرایت، معاون نماینده ویژه سازمان ملل، مبنی بر تلاش کای آیده برای پنهان کاری تقلب به نفع کرزی، اتفاق افتاد؛ به زیر سئوال رفتن بیشتر انتخابات 29 اسد کمک کرد.

داکتر عبدالله برای رقابت با کرزی در دور دوم انتخابات ابراز آمادگی کرده؛ اما با این حال وی گفتگو بر سر تقسیم قدرت را رد نکرده است. در عین حال وی همواره تاکید کرده است که هدف اش آوردن تغییر به کشور است، نه بدست آوردن چند سمت در کابینه ی کرزی.

عبدالله در گفتگو با تلویزیون سی ان ان که روز دوشنبه 27 میزان پخش شد اظهار داشت: " در حالیکه برای رفتن به دور دوم آماده می باشم، درهای گفتگو نیز را باز گذاشته ام. او به مشکلات پیشرو اشاره کرد و گفت: "رسیدن زمستان، وضعیت امنیتی، حقایقی استی که ما با آن ربرو هستیم".

کرزی ظاهراً تشکیل یک دولت ائتلافی را رد کرده است.

وی در کنفرانس مطبوعاتی روز سه شنبه گفت: "دولت ائتلافی هیچ مشروعیتی نخواهد داشت و امکان آن وجود ندارد"؛ اما در عین حال تاکید کرد که وی به یک "دولت مشارکت ملی"، بیشتر متمایل است.  

با وجودیکه کمیسیون انتخابات، برای برگزای دور دوم اعلام آمادگی کرده است، اما واقعیت این است که زمستان نزدیک، وضعیت بد امنیتی، و چالش های موجود، برگزاری یک انتخابات آزاد، عادلانه و شفاف را در عمل مشکل ساخته است.

اما مهمترین پرسش حالا این است که در دوم، چگونه از اشتباهاتی که در انتخابات گذشته اتفاق افتاد جلوگیری کنیم، و پرسش مهم دیگر این است که آیا کمیسیون انتخابات با توجه به تجربه ی نخست اش، و نیز سازمان ملل متحد با توجه به رسوایی که در آن اتفاق افتاد، هنوز هم برای برگزاری یک انتخابات آزاد و عادلانه مورد اعتماد هستند یا نه؟

در حاضر، پرسشها به مراتب بیشتر از پاسخ هاست.